Fue un 12 de octubre de 1939 cuando un grupo de deportistas de la ciudad de Campana decidió fundar su propio club. Su particular nombre surge de la película "Puerto Nuevo", protagonizada por Pepe Arias. Curiosamente, son pocas las instituciones que tienen el origen de su nombre en un film, entre las que podemos mencionar, por ejemplo, a Ben Hur.

Casi llegando a Campana, sobre la calle Viale, en el barrio Don Francisco, se impone el estadio Rubén Carlos Vallejos, inaugurado en 1995 gracias a una acertada decisión dirigencial, después de luchar por mucho tiempo para tener la cancha propia. La misma, hoy está dotada de una platea con butacas que sirvieron a la famosa platea San Martín de River.

Antes de tener su propia casa, Puerto hacía de local en el ya desaparecido estadio de Av. Rivadavia y Av. Ameghino, hoy devenido en plaza. 

Su primer presidente, Miguel Woicih, era del barrio de Villa Crespo e hincha de Atlanta, por eso sus colores (y su apodo, no tan conocido), emulan a los Bohemios.

Sin embargo, la afiliación a la AFA se hizo esperar. Recién en 1975 llegó a la D, finalizando 8º en la Zona Norte en su primera experiencia en la última de las categorías.

En 1984, por una fusión con el Círculo Italiano de Campana, pasó a llamarse Puerto Italiano, aunque en 1991 regresó a su denominación original. Varios años más tarde, se llamaría Puerto Nuevo Boliviano, incluso utilizando una camiseta verde en alguna ocasión, pero nuevamente regresó a su nombre tradicional.

En 1994 logró su primer y único título. Tras adjudicarse el torneo Apertura de la Primera D (cosechó 25 puntos en 15 partidos, con 10 triunfos y 5 empates), venció en la final a Cañuelas (ganador del Clausura) tras empatar 1-1 en la ida y golearlo 4-1 en la revancha. De esa manera jugó dos años en la Primera C, dándose el lujo de hacer de local en la cancha de Lanús, ante un Temperley que iba a ascender ese día.

Luego, retornó a la D, categoría en la que milita hasta el día de hoy. De sus huestes salío el ex Boca y Chacarita, Ariel Rosada, y el actual campeón de América, Juan Mercier, hizo sus juveniles ahí.

Hace dos años, tuvo una destacadísima actuación en la Copa Argentina, eliminando a Argentino de Merlo como visitante (foto) al vencerlo 3-1, y llegando a jugar nada más y nada menos que contra Chacarita Juniors en San Martín. Allí la proeza no pudo ser, y cayó vapuleado por 5-0.

Tras la última desafiliación, se va afirmando de a poco en el torneo, al tiempo que celebra un nuevo aniversario de vida. ¡Feliz cumple Puerto Nuevo!